البته پخت غذا (به هر روشی هم که باشد)، همیشه نمی‌تواند خطرات ناشی از آلودگی‌های میکروبی را به کلی رفع کند. از آنجا که قدرت گرم کنندگی اجاق مایکروویو در سطح غذا بیشتر است، بهتر است قطعات کوچک‌تر در مرکز ظرف و قطعات بزرگ تر مواد غذایی در کناره ظرف قرار گیرند تا حرارت مناسب به قطعات بزرگ‌تر برسد. چنانچه امکان هم‌زدن غذا وجود ندارد (و در کل در همه موارد)، بهتر است پس از پایان پخت، تا مدتی ظرف دست‌نخورده باقی بماند تا حرارت به‌خوبی در تمام نقاط غذا منتشر شود.

بهتر است درب ظرف، در مراحل پخت روی ظرف باشد تا مقداری بخار در ظرف جمع شده و به پخت مناسب غذا کمک کند؛ ولی در ظرف باید به‌صورتی قرار گیرد که خروج مقداری بخار امکانپذیر باشد.